Un directeur, officier général, portant le titre de commissaire au numérique de défense, relève directement du ministre de la défense et l'assiste pour l'exercice de ses responsabilités dans le domaine du numérique.
Il est assisté d'un directeur, officier général, portant le titre de commissaire au numérique de défense adjoint, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.