Pendant le stockage et au moment de l'enlèvement de ces déchets et sous-produits, et notamment dans les abattoirs de ruminants procédant au retrait des MRS, les jus d'écoulement sont dirigés vers l'installation de prétraitement des effluents d'abattoir.
Les eaux résultant du nettoyage des locaux et des dispositifs de stockage des déchets et sous-produits (bacs ayant contenu des viandes et des abats saisis et, dans les abattoirs de ruminants, des MRS) sont collectées et dirigées vers l'installation de prétraitement des effluents de l'abattoir.
L'aire réservée aux fumiers et matières stercoraires est implantée de façon à ne pas gêner le voisinage. Elle est protégée des intempéries et isolée de façon à récupérer les jus d'égouttage afin de les diriger vers la station de prétraitement de l'établissement ou les ouvrages de stockage du lisier ou des effluents liquides.
A l'exception des procédés de traitement anaérobies, l'apparition de conditions anaérobies dans les bassins de stockage ou de traitement ou dans les canaux à ciel ouvert est évitée en toutes circonstances. Ces installations sont pourvues de dispositifs d'aération et/ou couvertes, si cela s'avère nécessaire.