La gestion des habitats forestiers de la réserve repose sur deux principes :
- la transformation progressive d'une partie des peuplements, en particulier issus de plantations d'essences allochtones (pins, chêne rouge, châtaignier), en milieux ouverts de landes et pelouses ;
- la libre évolution de la plupart des peuplements d'essences indigènes.
Dans les peuplements en libre évolution, toutes interventions humaines susceptible de modifier la composition, la structure ou le fonctionnement des habitats naturels sont interdites, à l'exception des actions suivantes, conformément au plan de gestion de la réserve et applicables à la totalité de celle-ci :
- travaux pouvant être nécessaires à la sécurisation ou à l'entretien :
- du périmètre de la réserve ;
- des équipements de signalisation de la réserve et d'information du public ;
- des routes et chemins situés sur le périmètre ou traversant la réserve, ouverts au public ou aux seuls ayants droit (y compris pour la régulation des ongulés) ;
- des itinéraires de randonnée ayant été balisés avec l'autorisation de l'ONF ; il est interdit de baliser dans la réserve de nouveaux itinéraires de randonnée pédestre ou autre ;
- des propriétés contiguës à la réserve.
Les produits de coupes d'arbres faites dans le cadre de ces travaux seront laissés dans la réserve, sauf en cas d'impossibilité d'abattage directionnel :
- travaux pouvant être nécessaires à la fermeture de chemins ;
- régulation des populations d'ongulés par la chasse, afin d'éviter le déséquilibre des écosystèmes. Les modalités de cette régulation sont fixées par l'ONF. Pour la chasse à courre, l'attaque est interdite dans la réserve et les parcelles de sa zone de transition ; il y a possibilité de suite pour les chiens accompagnés par deux veneurs à pied ou à cheval ;
- travaux liés à la création et à l'entretien d'équipements de défense des forêts contre les incendies ;
- travaux réalisés en application d'une obligation légale de débroussaillement si applicable ;
- élimination d'espèces végétales ou animales non autochtones.