Le choix du mode de transport est effectué sur la base du tarif le moins onéreux du moyen de transport le plus adapté à la nature du déplacement, en tenant compte des cas métiers spécifiques. Les transports par voie ferroviaire ou aérienne sont effectués dans la classe présentant le tarif le moins onéreux.
Les cas de dérogation au principe du voyage dans la classe présentant le tarif le moins onéreux doivent être les plus réduits possibles et résulter de la nature de la mission.
Le recours à une classe immédiatement supérieure est autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'une des conditions suivantes est remplie :
- une promotion tarifaire accordée par la société de transport aboutit à un tarif se révélant identique ou moins coûteux que celui de la classe économique ;
- la durée du transport par la voie ferroviaire aller-retour est supérieure à 6 heures et la totalité du voyage est accomplie dans la journée ;
- la durée du transport par la voie aérienne est égale ou supérieure à sept heures pour chaque trajet, délais de transit non compris, et la durée de la mission est inférieure ou égale à cinq jours, délais de vols compris ;
- les trajets en avion concernent un déplacement professionnel entre la Nouvelle-Calédonie, la Polynésie-française ou Wallis-et-Futuna et la métropole, quelle que soit la durée de la mission.
Le recours à un mode de transport plus onéreux doit être justifié par l'intérêt du service et du métier, par exemple des contraintes horaires significatives, des contraintes liées à la mission, ou par des circonstances exceptionnelles telles que l'imprévisibilité de la mission, l'indisponibilité de places pour le mode de transport ou le tarif le moins onéreux.
La voie aérienne ne peut être autorisée que lorsque le temps total du trajet (de la résidence administrative ou familiale au lieu de destination finale) aller ou retour incluant la voie ferroviaire est supérieur à quatre heures. Si le trajet s'effectue dans une même journée, la voie aérienne est autorisée lorsque le temps total de trajet par la voie ferroviaire est supérieur à six heures.
Lorsque la résidence familiale est très éloignée de la résidence administrative et lorsque les écarts de coûts sont significatifs, le défraiement est établi dans la limite des coûts du trajet le moins onéreux pour rejoindre le lieu de la mission. La résidence familiale à prendre en compte est la résidence familiale principale déclarée dans le SIRH.
Lorsque l'agent bénéficie à sa demande de conditions de transport différentes de celles retenues par l'administration, le surcoût complémentaire éventuel est à sa charge.