Les principales missions que peuvent être amenés à réaliser les agents affectés aux équipes nationales de transfèrement sont les suivantes :
- les transferts administratifs des personnes détenues, y compris internationaux dans les conditions prévues aux articles D. 215-1, D. 215-3 et suivants, D. 215-12, D. 215-19 et suivants du code pénitentiaire ;
- les remises aux autorités étrangères et la prise en compte de personnes détenues remises par les autorités étrangères.