Les principales missions que peuvent être amenés à réaliser les agents affectés aux unités hospitalières sont les suivantes :
- les extractions médicales des personnes détenues affectées dans les unités hospitalières, dans les conditions prévues aux articles D. 215-2, D. 215-3 et suivants et D. 215-23 du code pénitentiaire ;
- les extractions judiciaires les concernant, dans les conditions prévues aux articles D. 215-8, D. 215-2, D. 215-3 et suivants, D. 215-23 et suivants du code pénitentiaire ;
- les transferts administratifs des personnes détenues rejoignant ou quittant ces unités, dans les conditions prévues aux articles D. 215-1, D. 215-3 et suivants, D. 215-12 et D. 215-19 et suivants du code pénitentiaire ;
- la sécurisation des unités hospitalières spécialement aménagées et des unités hospitalières sécurisées interrégionales ainsi que la surveillance des personnes détenues affectées en unités hospitalières sécurisées interrégionales.