Dans les cas où les mesures visées à l'article 3 ne peuvent être mises en œuvre ou ne suffisent pas à résoudre la problématique exposée, et sous réserve de l'accord préalable de la victime présumée, le signalement fait alors l'objet d'un traitement approfondi par l'organisme spécialisé qui, via le département des politiques sociales et des conditions de travail au sein de la direction des ressources humaines, prend contact avec le service d'affectation pour un échange contradictoire. Ce dernier est tenu d'apporter tous éléments de nature à éclairer la situation.
Dans le cadre d'un traitement approfondi, dans les meilleurs délais de traitement possible, l'organisme spécialisé établit un rapport proposant son évaluation du signalement effectué et préconise en tant que de besoin les mesures, y compris conservatoires, qu'il juge utiles afin de faire cesser les faits à l'origine du signalement et d'assurer la protection de la victime présumée. Ce rapport est transmis au secrétaire général du Conseil d'Etat.