Le contrôleur général peut mettre en place et communiquer à l'organisme un programme annuel de vérification a posteriori, indépendamment de la possibilité dont il dispose de demander à tout moment la communication des éléments se rapportant à un acte particulier.
L'organisme est tenu de communiquer tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.
Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôleur général sont transmises à l'Agence, au ministre chargé du budget et aux ministres de tutelle.