Le contrôleur général est destinataire ou a accès à tous les documents relatifs à l'organisation, aux procédures, au fonctionnement et au contrôle interne de l'organisme et à la cartographie des risques. Le contrôleur général est notamment destinataire des documents suivants :
- le suivi des objectifs fixés par les ministres au dirigeant de l'Agence ;
- les comptes rendus d'exécution de la convention pluriannuelle entre l'Etat et l'Agence prévue à l'article 2 du décret du 22 décembre 2014 susvisé ;
- les documents relatifs aux procédures internes et au fonctionnement du contrôle interne comptable et financier ;
- les documents, issus de la comptabilité analytique, permettant d'évaluer les moyens financiers et humains consacrés aux missions de service public de l'Agence ;
- les documents relatifs aux politiques des achats, de l'immobilier, des ressources humaines et des systèmes d'information ;
- un état récapitulatif des conventions, des marchés, ainsi que leurs avenants, relevant de la commande publique ou non, des bons de commande et des achats réalisés par le biais de centrales d'achat ;
- la cartographie des risques ;
- les rapports d'inspection et d'audit des commissaires aux comptes et des auditeurs internes et externes, ainsi que les plans d'action de l'Agence relatifs à la mise en œuvre de leurs recommandations.