Pour l'exécution de sa mission, le contrôleur général a tous pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place. L'Agence est tenue de lui communiquer toutes les informations nécessaires à l'exécution de sa mission notamment celles concernant son réseau international. Il demande, le cas échéant, tous éléments d'information complémentaires.
Il a entrée, avec voix consultative, aux séances du conseil d'administration et des comités et commissions que celui-ci peut créer. Il participe à la commission des marchés lorsqu'une telle commission est constituée par l'Agence. Il peut assister aux séances des comités, des commissions et de tous organes exécutifs et consultatifs existant à l'intérieur de l'Agence, notamment le comité exécutif. Le document prévu à l'article 9 en précise la liste. Il reçoit, dans les mêmes conditions que leurs membres, les convocations, ordres du jour, et tous autres documents qui doivent être adressés avant chaque séance, ainsi que les comptes rendus et les procès-verbaux, dès leur établissement.
Il a également entrée, dans les mêmes conditions, aux instances chargées de préparer et de suivre l'exécution de la convention pluriannuelle entre l'Etat et l'Agence prévue à l'article 2 du décret du 22 décembre 2014 susvisé.