Les conseils et les directeurs des structures internes, composantes et services communs de l'université de Besançon et de la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté demeurent en place et leurs conseils et responsables, en fonction à la date d'entrée en vigueur du présent décret, demeurent en fonction et continuent d'exercer leurs compétences jusqu'à la désignation de leurs successeurs.
Les membres des sections disciplinaires de l'université de Besançon compétentes à l'égard des usagers et des enseignants de l'université de Besançon, en fonction à la date de publication du présent décret, demeurent en fonction et continuent d'exercer leurs compétences jusqu'à la désignation de leurs successeurs au sein du conseil académique de l'établissement public expérimental.
Le comité social d'administration, la commission paritaire d'établissement et la commission consultative paritaire institués au sein de la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté et de l'université de Besançon demeurent compétents jusqu'à la mise en place, lors du prochain renouvellement général des instances de dialogue social dans la fonction publique, des instances correspondantes au sein de l'établissement public expérimental.
Les mandats de leurs membres titulaires et suppléants sont maintenus jusqu'à la même échéance.
Pendant cette période, les membres des comité sociaux d'administration, des commissions paritaires d'établissement et des commissions consultatives paritaires des deux établissements siègent, respectivement, en formation conjointe.