Le président de l'université de Besançon en fonction à la date de publication du présent décret exerce les attributions de président de l'établissement public expérimental définies par les statuts de cet établissement jusqu'à la désignation du premier président de l'établissement dans les conditions prévues par ces mêmes statuts qui doit intervenir dans un délai de neuf mois à compter de la date d'entrée en vigueur du présent décret. Il est assisté des vice-présidents de l'université de Besançon en fonction à la même date.
Il prépare le règlement intérieur provisoire.
Il organise les élections aux conseils de l'établissement public expérimental. Il est assisté d'un comité électoral consultatif, composé des membres du comité électoral consultatif de l'université de Besançon, qu'il convoque et préside.
Le président de l'université de Besançon préside la réunion convoquée pour l'élection du premier président de l'établissement public expérimental. Dans le cas où il est lui-même candidat à la présidence de l'établissement, le doyen d'âge des membres élus représentant les personnels enseignants-chercheurs et assimilés du conseil d'administration, non candidat, préside la séance.