Les biens, droits et obligations de l'université de Besançon et ceux de la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté sont dévolus à l'établissement expérimental Université Marie et Louis Pasteur.
Les agents exerçant leurs fonctions au sein de l'université de Besançon ou de la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté demeurent affectés ou employés dans l'établissement public expérimental dans les mêmes conditions.
Les usagers précédemment inscrits dans ces mêmes établissements sont inscrits dans l'établissement public expérimental.