La sécurité et la confidentialité des transmissions dans l'application « e-contrôle » sont assurées au moyen du protocole sécurisé HTTPS (Hypertext Transfer Protocol Secure).
L'application interdit les modifications de fichiers afin de garantir l'intégrité des documents.
Il est procédé à la mise en place des fonctions de sécurité destinées à protéger l'application « e-contrôle », conformément aux dispositions de l'article 9 (II) de l'ordonnance n° 2005-1516 du 8 décembre 2005 susvisée, et à la mise à jour des dispositifs techniques dédiés à cet usage.