Les missions de l'Ecole nationale supérieure d'architecture de Montpellier s'inscrivent dans la stratégie de l'Université de Montpellier Paul-Valéry que l'école contribue à définir. A ce titre, l'école participe à l'élaboration du contrat pluriannuel et de la politique scientifique de l'Université de Montpellier Paul-Valéry.
Le président de l'Université de Montpellier Paul-Valéry est membre de droit du conseil d'administration de l'école au titre du c du II de l'article 3 du décret du 15 février 2018 susvisé.
Le budget de l'école est élaboré dans le respect des orientations définies par l'Université de Montpellier Paul-Valéry. Le directeur de l'école communique au président de l'Université de Montpellier Paul-Valéry un rapport présentant les actes et délibérations à caractère budgétaire destinée à la préparation de son contrat pluriannuel. L'école peut recevoir des ressources qui lui sont affectées par l'Université de Montpellier Paul-Valéry pour les projets qu'elle porte pour le compte de l'Université de Montpellier Paul-Valéry.
L'école détermine sa politique de ressources humaines en cohérence avec la stratégie de l'Université de Montpellier Paul-Valéry.
Des moyens financiers et humains peuvent être mutualisés pour la réalisation de projets communs.
L'école soumet, pour information, la maquette pédagogique de ses formations au conseil des études et de la vie universitaire de l'Université de Montpellier Paul-Valéry afin d'assurer la cohérence de l'offre de formation. Le conseil pédagogique et scientifique de l'école émet un avis sur toute création ou modification des structures de recherche dans le domaine de l'architecture au sein de l'Université de Montpellier Paul-Valéry et pour la création de toute nouvelle formation la concernant.
L'école met en œuvre une signature commune des publications scientifiques avec l'Université de Montpellier Paul-Valéry.
L'école peut transférer ou déléguer une ou plusieurs de ses compétences à l'Université de Montpellier Paul-Valéry. Cette dernière peut également déléguer une ou plusieurs de ses compétences à l'école dans les conditions prévues aux articles 8 et 9 des statuts de l'Université de Montpellier Paul-Valéry.