Sur proposition du CSFM ou pour répondre à un mandat du ministre de la défense, le secrétaire général peut mettre en place un groupe de travail pour l'étude d'une question particulière transverse aux commissions.
Sur la base du volontariat des membres, le secrétaire général du CSFM arrête la composition du groupe de travail, en liaison avec les secrétaires et secrétaires adjoints du Conseil et des commissions.