Les secrétaires généraux sont chargés de l'organisation des travaux et sessions, selon les directives données par le président pour le CSFM ou les vice-présidents pour les CFM.
Le secrétaire général du CSFM fait élire séparément lors de sa première réunion un secrétaire et un secrétaire adjoint du conseil. L'élection s'effectue selon un scrutin uninominal majoritaire à deux tours. Le mandat de ces derniers est de six mois renouvelable une fois.
Le secrétaire du conseil, sous l'autorité du secrétaire général :
1° Anime les travaux du conseil ;
2° Organise la rédaction des avis et des comptes rendus pour chaque réunion du conseil ;
3° Organise la rédaction du communiqué réalisé à l'issue de chaque séance plénière du conseil et le contresigne.
Les secrétaires généraux des CFM font procéder au début de chaque session à la désignation par les conseils d'un secrétaire de session, qui peut être assisté d'un adjoint.
Ce secrétaire de session assiste le secrétaire général dans l'animation des séances du conseil, participe à la rédaction des avis du conseil et du communiqué de session, signe l'avis du conseil et contresigne le communiqué de session.