Le secrétaire général du CSFM assure la coordination de l'activité des secrétaires généraux des CFM pour tous les domaines relevant de la compétence du CSFM.
Il reçoit copie de l'ordre du jour, du communiqué et de l'avis des sessions de ces conseils et organise les réunions relatives à la préparation des travaux du CSFM.
En liaison avec les services du ministère de la défense, il assure le suivi des travaux du CSFM.
Il tient à jour tout indicateur permettant de rendre compte des préoccupations de la communauté militaire et d'évaluer la qualité des processus mis en œuvre dans le cadre de la concertation.