Le ministre de la défense préside les conseils de la fonction militaire (CFM). Toutefois, le CFM de la gendarmerie nationale peut, en fonction de l'ordre du jour, être présidé soit par le ministre de la défense, soit par le ministre de l'intérieur, soit par ces deux ministres.
Le ministre de la défense fixe la date des sessions et en arrête l'ordre du jour. A sa demande, le délégué général pour l'armement, les chefs d'état-major de l'armée de terre, de la marine et de l'armée de l'air et de l'espace, le directeur général de la gendarmerie nationale, les directeurs centraux du service de santé des armées, du service du commissariat des armées et du service d'infrastructure de la défense et le directeur du service de l'énergie opérationnelle, vice-présidents, assurent la présidence effective du CFM de leur force armée ou formation rattachée. Les sessions ne sont pas publiques. En l'absence du président ou du vice-président, les secrétaires généraux organisent et animent les travaux des CFM.