Le ministre de la défense préside le Conseil supérieur de la fonction militaire (CSFM). Il fixe la date des réunions du conseil et en arrête l'ordre du jour. Les travaux du conseil sont organisés en deux sessions semestrielles. Ils ne sont pas publics. Le secrétaire général organise et anime les travaux du conseil. Les réunions du conseil se déroulent en présentiel.
En cas d'impossibilité de réunir les membres du conseil dans un même lieu physique, notamment du fait de restrictions sanitaires, les réunions et les votes peuvent se tenir à distance.
A chaque session, il est organisé plusieurs réunions du conseil dont au moins une en présence de son président, dénommée séance plénière, à laquelle sont conviés les représentants du ministre de l'intérieur, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique. Le quorum de soixante pour cent fixé à l'article R. 4124-19 du code de la défense doit être atteint à l'ouverture de chaque réunion ou séance plénière et séquence de vote.