La scolarité des élèves commissaires dure deux ans, sauf prolongation pour des raisons de santé ou en cas de résultats insuffisants.
Au cours de cette scolarité, les élèves commissaires reçoivent une formation humaine et militaire d'officier ainsi qu'une formation professionnelle portant notamment sur les domaines administratif, juridique, financier et logistique, adaptée à la force armée ou la formation rattachée (ci-après dénommée « ancrage ») dans laquelle ils ont vocation à servir à l'issue de leur scolarité.
La scolarité se répartit en trois périodes de formation :
1° Une période de formation militaire initiale (dite « P1 »), constituant la formation spécifique d'armée prévue à l'article 13 du décret du 5 septembre 2012 susvisé, qui donne aux élèves commissaires les bases nécessaires à l'état militaire et aux responsabilités d'officier. Ce cycle de formation, d'une durée d'environ dix semaines, se déroule principalement au sein des écoles d'officiers de l'armée de terre, de la marine nationale et de l'armée de l'air et de l'espace ;
2° Une période de formation commune d'administrateur (dite « P2 »), qui apporte aux élèves commissaires l'expertise nécessaire à l'exercice de fonctions d'encadrement supérieur au sein des forces armées et des formations rattachées du ministère de la défense. Cette formation interarmées commune à tous les ancrages porte principalement sur l'administration générale, les finances, le droit, l'audit, le conseil, la logistique et l'environnement. Cette période de formation dure environ un an et se déroule principalement au sein de l'Ecole des commissaires des armées ;
3° Une période de formation d'ancrage (dite « P3 »), qui permet aux élèves commissaires de se préparer à leur premier emploi au sein des unités opérationnelles des armées, directions et services en leur permettant d'appliquer concrètement les compétences acquises lors de la période de formation d'administrateur. Cette période de formation, d'une durée d'environ huit mois, se déroule principalement dans les écoles militaires d'élèves officiers relevant de l'armée de terre, de la marine nationale, de l'armée de l'air et de l'espace et du service de santé des armées et au sein de la direction générale de l'armement.