Pour l'exercice de ses missions, le délégué interministériel fait appel aux services placés sous l'autorité du Premier ministre, du ministre de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique, du ministre de l'intérieur et des outre-mer, du ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire et du ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires, ainsi qu'aux établissements publics de l'Etat placés sous la tutelle de ces ministres, en lien avec les cabinets de ces ministres, et, en tant que de besoin, aux préfets et aux services des autres ministères.
Il dispose de personnels mis à disposition par les ministères ou les établissements publics de l'Etat. Il est rattaché, d'un point de vue administratif et budgétaire, au ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire.