Le service à compétence nationale est dirigé par un directeur ayant la qualité de comptable public principal dénommé « trésorier général des douanes ». Il est nommé sur proposition du directeur général des douanes et droits indirects.
Il exerce son autorité hiérarchique sur l'ensemble des entités et des personnels du service.
Il peut donner délégation à ses collaborateurs pour signer, dans la limite de leurs attributions, tous actes relatifs aux affaires pour lesquelles il a lui-même reçu délégation du ministre chargé des douanes en application de l'article 1er du décret du 27 juillet 2005 susvisé.
Il est désigné agent comptable de l'établissement public national de la Masse des douanes en application de l'article 25 du décret du 23 avril 2015 susvisé.