Les modalités relatives au temps de travail au sein des services sont celles applicables aux agents et agentes du ministère en charge de l'écologie, hormis les modalités de télétravail et la fixation des jours de fermeture, qui sont fixées par la présidente ou le président de la Commission.
Les agents et agentes de la CNDP bénéficient des congés prévus par le décret n° 84-972 du 26 octobre 1984 modifié relatif aux congés annuels des fonctionnaires de l'Etat.