L'ordre du jour est établi par la présidente ou le président ; il comporte obligatoirement toute question dont l'inscription est demandée dix jours au moins avant la séance par au moins trois membres de la Commission.
Le dossier de séance est adressé par voie électronique au moins quatre jours calendaires avant la date de la réunion, par la présidente ou le président.
Les propositions de nomination de garants et de garantes des projets et plans et programmes soumis à évaluation environnementale, mais qui ne relèvent pas du champ de compétences de la Commission (article L. 121-17), sont transmises aux membres du collège pour avis quatre jours calendaires avant la séance, mais ne sont évoquées en séance que sur demande formelle de l'un ou l'une des membres.