Le haut-commissaire à l'énergie atomique est nommé pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.
Pour sa gestion administrative et budgétaire, le haut-commissaire est rattaché au secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale. Ses éléments de rémunération sont fixés sur proposition du ministre chargé du budget, après consultation des ministres chargés de la recherche et de l'énergie.