Le conseil scientifique est composé de douze à vingt personnalités désignées par les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche, en raison de leur compétence.
Le président est le président du conseil d'orientation.
Le conseil scientifique est consulté sur les orientations générales de l'institut, notamment en matière thématique et pédagogique, sur la programmation à trois ans et sur le choix des personnes intervenant dans les sessions.
Il évalue la formation et les intervenants, en lien avec les auditeurs.
Il apporte son expertise sur les rapports de la science et de la société et sur le développement d'une culture scientifique, technique et de l'innovation.
Le directeur de l'institut assiste aux réunions du conseil scientifique.
Outre le président, les membres du conseil scientifique sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable une fois. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, il est pourvu à son remplacement dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir.