Les analyses de la qualité des eaux doivent être réalisées par un laboratoire accrédité, pour les paramètres et les différents types d'eaux considérés, selon la norme ISO/CEI 17025, par le comité français d'accréditation ou par tout autre organisme d'accréditation équivalent européen signataire de l'accord multilatéral pris dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation.
Les échantillons à utiliser pour vérifier le respect des paramètres microbiologiques au point de conformité sont prélevés conformément à la norme EN ISO 19458 ou à toute autre norme nationale ou internationale garantissant une qualité équivalente.