L'ordre du jour des réunions de l'Autorité est arrêté par le président sur proposition du directeur général. Il peut comporter un débat d'orientation portant sur une question déterminée. Ce débat vise à préparer l'instruction de cette question. Il peut également comporter, sur proposition de son président, un programme de travail prévisionnel. Chaque membre peut demander l'inscription d'une ou plusieurs questions à l'ordre du jour. Il en informe le président ou le directeur général en temps utile. Dans la mesure du possible, il communique à cet effet au secrétariat du collège les éléments d'information nécessaires à la délibération.
Sauf cas d'urgence, l'ordre du jour est transmis aux membres quatre jours au moins avant la séance. En cas de nécessité, il peut à tout moment être modifié par le président. Il peut comporter une rubrique « questions diverses ».
Les dossiers de la séance, qui contiennent notamment les projets de délibération, sont préparés sous la responsabilité du directeur général. Sauf cas d'urgence, ils sont transmis aux membres quarante-huit heures au moins avant la séance.