La certification mentionnée aux articles L. 717-3-1 du code rural et de la pêche maritime et L. 4622-9-3 du code du travail, délivrée aux services de santé au travail en agriculture, vise à s'assurer que ces services réalisent l'ensemble des services rendus et les processus y afférents de manière effective et homogène. Cette certification doit conduire chaque service de santé au travail en agriculture à s'inscrire dans une dynamique de progrès, de qualité et de proactivité.
La certification est délivrée par l'organisme certificateur dans le respect des conditions et des modalités définies par la norme AFNOR SPEC 2218 et le plan de contrôle relatif à la certification des services de santé au travail en agriculture. Toute modification de l'AFNOR SPEC 2218 ou de ce plan de contrôle est approuvée par le ministère chargé de l'agriculture et publiée sur le site du ministère. Le plan de contrôle précité précise plus particulièrement les modalités techniques et organisationnelles relatives à la procédure de délivrance de la certification. Il est publié sur le site internet du ministère chargé de l'agriculture.
L'AFNOR SPEC 2218 constitue un référentiel « métier » pour les services de santé au travail en agriculture, qui fixe les critères d'appréciation des services rendus et les exigences permettant de mesurer la bonne réalisation des trois missions de l'ensemble socle de services prévu par le décret du 18 août 2022 susvisé, à savoir la prévention des risques professionnels, le suivi individuel de l'état de santé des travailleurs agricoles et la prévention de la désinsertion professionnelle. Ce référentiel est en accès libre sur le site internet de l'AFNOR Normalisation.
Trois niveaux de certification sont définis par l'AFNOR SPEC 2218, respectivement pour une durée de deux ans, de trois ans et de cinq ans. Les deux premiers niveaux sont non renouvelables, alors que le niveau trois atteste de façon pérenne de la conformité à l'ensemble des exigences du référentiel. L'organisme certificateur certifie uniquement au niveau sollicité par le service candidat.