Le CTHS se dote d'un règlement intérieur approuvé par le conseil de direction et par le conseil d'administration de l'Ecole nationale des chartes. Ce règlement peut être modifié selon les mêmes modalités.
Il précise notamment :
1° Le nombre maximal de membres titulaires et émérites au sein de chaque section ;
2° Les procédures d'élection des membres au sein des sections ;
3° Les modalités d'organisation et de fonctionnement des sections ;
4° La composition et les modalités de fonctionnement des commissions thématiques.