Pour la mise en œuvre des actions correspondant à ses missions, des crédits issus de la subvention pour charge de service public de l'Ecole nationale des chartes et des emplois sont affectés au CTHS.
Le CTHS dispose également de ressources propres, provenant notamment de subventions et d'aides à la publication, de la vente de ses ouvrages et de mécénat.
Le budget du CTHS est intégré à celui de l'Ecole nationale des chartes au sein duquel il est identifié par un centre de responsabilité dédié. L'école conduit annuellement un dialogue de gestion avec le CTHS.
Le délégué général est ordonnateur délégué des recettes et des dépenses.