Le président du CTHS est élu parmi les présidents des sections et les membres des bureaux du CTHS par le conseil de direction pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois.
Il choisit parmi les membres du conseil ou au sein des bureaux des sections deux vice-présidents afin de former avec eux un bureau en charge de coordonner les travaux du conseil de direction.
Il peut nommer des chargés de mission ainsi que des présidents pour les commissions thématiques que le conseil de direction souhaite mettre en place. Ces nominations sont soumises à la validation préalable du conseil de direction.