Le ministre de la défense, pour la section des essais et réceptions, et le ministre chargé de l'aviation civile, pour la section du transport et du travail aériens, désignent un président et un vice-président parmi les membres titulaires ou suppléants de la section.
Lorsqu'il siège en séance plénière, le conseil est présidé par le plus âgé des présidents de section.