Les sections sont présidées par un de leurs membres désigné par le ministre chargé de l'aviation civile en ce qui concerne les sections du transport aérien et du travail aérien et par le ministre de la défense en ce qui concerne la section des essais et réceptions.
Des vice-présidents peuvent également être désignés dans les mêmes conditions pour chacune des sections.
Le président de la section du transport aérien préside le conseil. Le président de la section des essais et réceptions remplit les fonctions de vice-président.