La mission de la stratégie et de l'innovation numérique définit l'architecture et veille à la cohérence des systèmes d'information. Elle établit la programmation de la direction en liaison avec les maîtrises d'ouvrage du ministère. Elle définit également les normes techniques à suivre par le ministère en la matière. En lien avec le haut fonctionnaire correspondant de défense et de sécurité, elle concourt à l'élaboration de la politique de sécurité des systèmes d'information du ministère. Elle mène, en partenariat avec les acteurs publics et privés de la transformation numérique, des expérimentations de nouveaux services innovants, notamment dans les domaines de l'intelligence artificielle et de la valorisation des données. Elle promeut auprès des autres services du ministère le développement des usages du numérique, la diffusion de la culture numérique et l'exploitation du potentiel des données. Elle définit l'architecture du SI, et les ressources transverses du pôle annuaire, du pôle décisionnel et de l'outil GLPI. Elle assiste le directeur du numérique dans sa mission d'administrateur ministériel des données. Elle assure la veille technologique dans tous les domaines inhérents à la transformation numérique.
Délégation est donnée à M. Geoffroy GRELOT, chef de la mission stratégie et innovation numérique, administrateur de l'état du deuxième grade, et M. Gaëtan BIGOT, adjoint au chef de la mission stratégie et innovation numérique et chef de bureau de l'Architecture, attaché principal des systèmes d'information et de communication, à l'effet de signer, au nom du ministre des affaires étrangères, tous actes, arrêtés et décisions, à l'exclusion des décrets, dans la limite des attributions de la mission de la stratégie et de l'innovation numérique.