Les dépenses de fonctionnement de l'agence du numérique des forces de sécurité intérieure sont supportées par le programme budgétaire de la gendarmerie nationale.
Un protocole conclu entre la direction générale de la gendarmerie nationale et la direction générale de la police nationale fixe les obligations de chacune des deux directions en moyens pour le fonctionnement de l'agence et l'accomplissement de ses missions.