La formation ministérielle adopte le règlement intérieur du conseil.
Le président est responsable des évaluations. Il organise l'ensemble des travaux du conseil et, à ce titre, attribue les missions mentionnées à l'article 2.
Il est assisté d'un secrétaire général nommé par arrêté du ministre de l'intérieur après avis du président du conseil.
Le vice-président de la première formation spécialisée assure la suppléance et l'intérim du président.
Les membres mentionnés aux 4° et 5° de l'article 3 peuvent être chargés d'une circonscription territoriale ou d'une zone de défense. La liste des circonscriptions est fixée par arrêté du ministre de l'intérieur.