Un laboratoire agréé qui ne satisferait plus à une ou plusieurs conditions d'agrément définies à l'article 3 ne rend plus de résultat sous agrément. Il est tenu d'en informer dans un délai d'un mois l'Office français de la biodiversité au moyen du site Internet de gestion des agréments du ministère chargé de l'environnement.
Le retard dans la transmission de cette information ainsi que les fausses déclarations constituent des motifs de retrait de l'agrément.
Une suspension de tout ou partie de l'agrément peut intervenir soit par décision du ministre chargé de l'environnement au terme d'une procédure contradictoire conformément à l'article R. 212-24-1, soit à la demande du laboratoire agréé, lorsqu'une ou plusieurs conditions de l'agrément ne sont plus respectées.
L'Office français de la biodiversité notifie au laboratoire la décision de suspension ou de retrait du ministre chargé de l'environnement et les motifs de cette décision. Cette suspension peut être levée après la mise en conformité du laboratoire, évaluée par l'instance d'accréditation dans le cadre d'un audit intermédiaire ou exceptionnel sollicité par le laboratoire.