L'agrément est délivré par le ministre chargé de l'environnement au laboratoire pour une période maximale de cinq ans. Le laboratoire peut demander le maintien de son agrément ou son extension à d'autres couples « paramètre-matrice » et « EQB-méthode » avant chaque évaluation régulière par l'instance d'accréditation.
Conformément à l'article R. 212-24-1 du code de l'environnement, compétence est donnée à l'Office français de la biodiversité pour instruire les dossiers d'agrément des laboratoires effectuant des analyses dans le domaine de l'eau et des milieux aquatiques.
Les demandes d'agrément sont déposées par voie électronique sur le site internet de gestion des agréments du ministère chargé de l'environnement et comportent les informations mentionnées à l'annexe III au présent arrêté.
Un laboratoire implanté sur plusieurs sites géographiques distincts établit une demande d'agrément pour chacun des sites pour lesquels il souhaite être agréé.
Une instance d'accréditation, désignée par le laboratoire demandeur, est chargée par l'Office français de la biodiversité de vérifier le respect par le laboratoire des conditions définies aux articles 3 et 4 ci-dessus préalablement à la décision d'agrément. Cette vérification est réalisée lors d'une évaluation régulière du laboratoire par l'instance d'accréditation désignée.
Tout document produit par le laboratoire ou par l'instance d'accréditation aux fins des articles 5, 7 et 12 est rédigé français.
Au vu du résultat de la vérification effectuée par l'instance d'accréditation, l'Office français de la biodiversité notifie la décision du ministre chargé de l'environnement au laboratoire demandeur.
La décision d'agrément comporte les paramètres chimiques, physico-chimiques ou EQB et matrices pour lesquels le laboratoire est agréé et les dates de durée de validité de l'agrément et, en cas de refus d'agrément, les motifs de cette décision. Pour le volet hydrobiologie, elle comportera également la ou les méthode(s) d'analyse si plusieurs sont référencées par l'avis relatif aux méthodes des couples « élément de qualité biologique - méthode » sur lesquels porte l'agrément des laboratoires en vigueur.
En cas de modification des conditions de l'agrément au cours de la période couverte par la décision, notamment un changement de limite de quantification, le laboratoire peut solliciter un audit documentaire pour la vérification des nouvelles conditions s'il est déjà titulaire de l'agrément pour les paramètres concernés par cette modification.