Les données relatives aux électeurs inscrits sur les listes électorales, ainsi que celles relatives à l'expression de leur vote, font l'objet, selon les modalités techniques fixées par arrêté du ministre chargé de l'artisanat pris après avis de la Commission nationale de l'informatique et des libertés, de traitements automatisés d'information effectués sur des systèmes informatiques distincts, dédiés et isolés, respectivement dénommés « fichier des électeurs » et « contenu de l'urne électronique ».
Le traitement « fichier des électeurs » est établi à partir de la liste électorale dressée par département par le président de la chambre de métiers et de l'artisanat de région. Ce traitement permet à la commission d'organisation des élections d'adresser à chaque électeur les instruments d'authentification mentionnés à l'article R. 322-35, d'identifier les électeurs ayant pris part au vote électronique et d'éditer la liste d'émargement. L'émargement indique l'heure du vote. La liste d'émargement doit être enregistrée sur un support distinct de celui de l'urne électronique, scellé, non réinscriptible, rendant son contenu inaltérable et probant.
Le fichier dénommé « contenu de l'urne électronique » recense les votes exprimés par voie électronique. Les données de ce second fichier font l'objet d'un chiffrement et ne doivent pas comporter de lien permettant l'identification des électeurs.