L'opérateur tient, dans un livre journal physique ou numérique, une comptabilité locale, par zone comptable, pour chacune des matières suivantes :
- thorium, à l'exception des alliages contenant moins de 5 % en masse de thorium ;
- uranium appauvri ;
- uranium naturel ;
- uranium enrichi à moins de 20 % en uranium 235 ;
- uranium enrichi à 20 % ou plus en uranium 235 ;
- uranium 233 ;
- plutonium ;
- tritium ;
- lithium enrichi en lithium 6.
Cette comptabilité distingue les matières irradiées et non irradiées au sens de l'article R. 1333-70 du code de la défense. Elle distingue également les matières nucléaires nécessaires à la défense de celles qui ne le sont pas.
L'opérateur limite au strict nécessaire le nombre de personnes qui ont un droit d'accès et d'écriture dans le livre journal.