L'opérateur établit une stratégie de sécurité nucléaire permettant de prévenir et de lutter contre des actes de malveillance correspondant aux menaces de référence. Celle-ci prend en compte l'environnement de sécurité nucléaire, ainsi que les entités concernées par les articles 37, 38 et 39. Elle est également conçue pour pouvoir s'adapter et appuyer au mieux les pouvoirs publics dans les conditions fixées à l'article 98.
Pour les plateformes de transbordement ou les installations dans lesquelles des matières nucléaires ne sont pas présentes en permanence, cette stratégie peut prévoir des dispositions particulières lorsqu'aucune matière nucléaire ou matière dangereuse n'est présente, sous réserve de justifier que cela ne dégrade pas la sécurité nucléaire.
L'opérateur conçoit un système de sécurité nucléaire permettant le respect des dispositions du présent arrêté, en particulier la mise en œuvre de la stratégie de sécurité nucléaire, couvrant l'ensemble des éléments décrits à l'article 7.
Dans ce cadre l'opérateur fixe les objectifs de performance qui doivent être atteints pour chaque fonction de sécurité de ce système, y compris en matière de protection des systèmes d'information et des informations.
Pour les PIV, les plans particuliers de protection intègrent dans leur dispositif les dispositions du système de sécurité nucléaire. Le cas échéant, le plan particulier de protection est révisé pour inclure les modifications apportées à l'autorisation.