Les délais d'instruction de la demande, prévus au III de l'article R. 1333-4 du code de la défense, courent à partir de la réception de la demande par le ministre compétent, qui en accuse la réception.
Lorsque l'instruction fait apparaître que le dossier n'est pas complet ou régulier, ou ne comporte pas les éléments suffisants pour en poursuivre l'examen, le ministre invite le demandeur à compléter ou régulariser le dossier dans des délais qu'il fixe. Dans ce cas les délais sont suspendus.
Notamment lorsque la complexité du projet le justifie, le demandeur peut proposer au ministre compétent, dans sa demande, de lui fournir les informations mentionnées à l'article 88 de manière échelonnée, selon un échéancier qu'il précise.
Les délais courent à compter de la date de validation par le ministre de l'échéancier proposé. Si l'échéancier n'est pas respecté, les délais sont suspendus.