Les opérations de nettoyage et désinfection prévues à l'article 15 du présent arrêté sont effectuées sous contrôle du préfet. Elles sont engagées dès l'élimination du troupeau, et au plus tard dans un délai de six semaines après celle-ci.
Les lisiers du troupeau infecté sont retirés du lieux d'hébergement et bâchés, ou à défaut stockés à l'abri de la faune sauvage et des intempéries, avant les opérations de nettoyage et désinfection, de telle sorte qu'ils ne puissent constituer une source de contamination pour les installations et matériels de l'établissement. Les tracteurs et autres matériels de manipulation du lisier sont décontaminés après cette opération. Le stockage, l'épandage du lisier et des eaux de nettoyage ne doivent pas constituer une source de contamination pour la santé publique vétérinaire et l'environnement. Les eaux de nettoyage sont évacuées soit dans une fosse, soit vers un réseau d'eaux usées et dans le respect des prescriptions réglementaires en vigueur. Lorsqu'elles sont dirigées vers un dispositif de stockage, provisoire ou non, celui-ci est vidé et désinfecté à l'issue du chantier de nettoyage et de désinfection. Le nettoyage et la désinfection des lieux d'élevage et de leurs annexes ainsi que du matériel sont effectués selon un protocole écrit, établi avant la mise en œuvre du chantier et approuvé par le vétérinaire mandaté, à l'aide de produits agréés pour la désinfection dans le cas de maladies contagieuses. Ce protocole prend également en compte la lutte contre les animaux nuisibles, notamment les insectes et les acariens indésirables, la protection contre l'intrusion des animaux domestiques ainsi que la décontamination des abords.
La durée du vide sanitaire après les opérations de nettoyage et de désinfection des locaux ainsi que du matériel d'élevage, notamment les chaînes d'alimentation, silos et bacs réservoirs d'eau, permet un assèchement le plus complet possible des locaux et du matériel.
L'efficacité des opérations de nettoyage et de désinfection est validée par un contrôle visuel de la qualité du nettoyage et par un contrôle bactériologique négatif des surfaces vis-à-vis de tout sérotype de Salmonella, avant le repeuplement des locaux. Lorsqu'une ou plusieurs séries supplémentaires de contrôles bactériologiques sont nécessaires pour valider le résultat de la décontamination, leur coût est à la charge du propriétaire ou détenteur des volailles.