Pour l'accomplissement de ses missions, le STEMO Pyrénées-Orientales Perpignan est composé des unités éducatives suivantes :
- une unité éducative de milieu ouvert à Perpignan, dénommée « UEMO de Perpignan-Sud », sise immeuble « Le Pôle », 158, avenue Guynemer, 66100 Perpignan ;
- une unité éducative de milieu ouvert à Perpignan, dénommée « UEMO de Perpignan-Nord », sise immeuble « Le Marylin », 37, boulevard J.F. Kennedy, 66100 Perpignan.