La commission centrale des chemins de fer, comprend :
- un commissaire technique, cadre supérieur désigné par le ministre en charge des transports, représentant la société prévue par le décret du 5 mai 1997 susvisé, assisté d'un expert représentant cette même société et d'un expert des transports ferroviaires ;
- un commissaire militaire, officier supérieur désigné par le chef d'état-major des armées, représentant l'état-major des armées, assisté d'un adjoint et de personnels militaires.
A l'initiative du chef d'état-major des armées et en accord avec le représentant de la société prévue par le décret du 5 mai 1997 susvisé, la commission centrale des chemins de fer met en place des commissions subordonnées, qui comprennent des représentants des forces armées et formations rattachées, de la société précitée, du transporteur ferroviaire concerné et, le cas échéant, des représentants du préfet et des collectivités territoriales.
Les militaires affectés dans les commissions appartiennent au service militaire des chemins de fer, dont l'organisation est précisée par instruction.