Le COSS de Nouvelle-Calédonie est dirigé par un administrateur des affaires maritimes.
Le directeur du COSS de Nouvelle-Calédonie désigne les officiers habilités à exercer les fonctions de CMS, définit l'organisation de la veille et les procédures opérationnelles appliquées par le centre.
Les CMS sont responsables de l'ensemble des actions engagées sous leur autorité par le COSS de Nouvelle-Calédonie.
Le COSS est armé notamment par du personnel relevant du ministère de la défense et du secrétaire d'État chargé de la mer. Le personnel est placé sous l'autorité fonctionnelle du directeur du COSS.
Les deux ministères contribuent financièrement et en effectifs au fonctionnement du COSS selon des modalités définies conjointement.