L'opérateur tient, dans un livre journal physique ou numérique, une comptabilité locale, par zone comptable, pour chacune des matières suivantes :
- thorium, à l'exception des alliages contenant moins de 5 % en masse de thorium ;
- uranium appauvri ;
- uranium naturel ;
- uranium enrichi à moins de 20 % en uranium 235 ;
- uranium enrichi à 20 % ou plus en uranium 235 ;
- uranium 233 ;
- plutonium ;
- tritium ;
- lithium enrichi en lithium 6.
Cette comptabilité distingue les matières irradiées et non irradiées au sens de l'article R. 1333-70 du code de la défense. Elle distingue également les matières nucléaires nécessaires à la défense de celles qui ne le sont pas.
L'opérateur limite au strict nécessaire le nombre de personnes qui ont un droit d'accès et d'écriture dans le livre journal.
Chaque dernier jour du mois, l'opérateur effectue un enregistrement des stocks comptables, calculés à partir des variations de stocks du mois et de l'enregistrement des stocks du mois précédent.