Les prélèvements d'échantillons, les mesures de terrain ainsi que les analyses sont réalisés par des opérateurs qualifiés et de préférence selon des méthodes normalisées. La fiabilité des matériels utilisés et des protocoles mis en œuvre ainsi que la compétence et la qualification du personnel sont garanties par le système de gestion de la qualité mis en place par la personne responsable de la production ou de la distribution d'eau.
En application du 2° de l'article R. 1321-24 du code de la santé publique, les résultats analytiques obtenus dans le cadre de la réalisation du programme de tests et d'analyses de surveillance peuvent être pris en compte au titre du contrôle sanitaire des eaux à condition que le laboratoire soit accrédité pour les prélèvements et les analyses des paramètres objets de la surveillance par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par tout autre organisme européen d'accréditation équivalent, signataire de l'accord multilatéral pris dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation, selon le référentiel démontrant les compétences des laboratoires d'étalonnage et d'essais, et que les méthodes utilisées permettent d'assurer le respect des exigences précisées dans l'arrêté du 19 octobre 2017 modifié relatif aux méthodes d'analyse utilisées dans le cadre du contrôle sanitaire des eaux. Une accréditation selon la norme NF EN ISO/IEC 17025 dont le millésime est indiqué dans un avis au Journal officiel de la République française est réputée satisfaire à cette exigence.